A cuatro meses de la desaparición del ARA San Juan y sin datos concretos sobre cuál fue su suerte, se conoció el audio del último mensaje cifrado enviado por los tripulantes del navío a la Central de Comunicaciones de Submarinos, en el que uno de los marinos advierte que están «fatigados» tras sortear una tormenta con olas de hasta 6 metros.
En la grabación, que data del día 15 de noviembre a las 7:19, se escucha la voz del teniente de navío Fernando Villarreal, quien anuncia que están «a plano de periscopio» -es decir, con ese artefacto asomando por sobre el océano- y que se disponían a bajar a 40 metros de profundidad, viajando mar adentro para reparar baterías y descansar.
Además, en el mensaje se específica que el submarino viajaba en dirección a Mar del Plata a una velocidad de 5 nudos, mientras que el capitán de Fragata Pedro Fernández anunciaba que «tenían intenciones de descansar porque el temporal había castigado la nave durante la navegación en superficie la noche anterior».
Villarreal y el suspendido jefe de Alistamiento y Adiestramiento Naval, vicealmirante Luis López Mazzeo presentaron sendos descargo contra el sumario elaborado por el echado jefe de la Armada, almirante (RE) Marcelo Srur quien los acusó de haber permitido zarpar al San Juan, desde el puerto de Ushuaia, a pesar de que registraba supuestas «severas anomalías».